تأسس مركز الكويت للتوحد في عام 1994 كمشروع وقفي للأمانة العامة للأوقاف ، ليكون أول مركز إقليمي تعليمي تدريبي لإعاقة التوحد في الوطن العربي ، وليلبي حاجة العديد من الأسر كمركز متخصص يخدم الأطفال الذين يعانون من إعاقة التوحد وفق أسس علمية وتربوية تلبي احتياجاتهم وتصقل مهاراتهم. ويعد التوحد من أصعب الإعاقات التطورية التي ما زال العلم حائراً حتى الآن في معرفة أسبابها أو إيجاد طرق العلاج المناسبة لها
كما ساهم في رعاية البذرة الأولى لتأسيس المركز العديد من الشخصيات التي كان لها دور في إيجاد هذا الكيان المؤسسي ، وبعد مرور أكثر من 21 عاماً على التأسيس استطاع المركز أن يحتل مكانة مرموقة والحمد لله بين مصاف المراكز الراعية للفئات الخاصة. وليكون مركزاً متخصصاً في دولة الكويت لفئة التوحد وضعف التواصل ليمتد عطاؤه ليصل للعديد من الدول الخليجية والعربية. بل أصبح بؤرة استقطاب على المستوى العالمي للعديد من الأبحاث والزيارات والمطبوعات المتخصصة والدورات.
كما سعى المركز إلى ترسيخ دعائم العمل المؤسسي الموثق في مركز الكويت للتوحد من خلال عمله على تطبيق نظام الجودة الإدارية وحصل على شهادة الجودة الإدارية ISO 9001/2000 كأول مركز إقليمي متخصص في مجال التوحد وضعف التواصل في الشرق الأوسط يحصل على هذه الشهادة. وسعياً نحو الوصول إلى أفضل المعايير الأكاديمية استطاع المركز الحصول على شهادة الاعتماد العالمي للبرنامج التعليمي Nas-Accreditation
وبدأت رحلة تأسيس مركز الكويت للتوحد من خلال زيارات مختلفة لدول متقدمة سبقتنا بتأسيس مراكز ومدارس تخدم الفئات الخاصة وخاصة فئة التوحد. وقد أسفرت هذه الزيارات عن العديد من التطورات في مجال بناء المنهج التعليمي أو البرنامج التأهيلي أو إنشاء فصول ومرافق المركز. و بعد ازدياد عدد الطلبة في المركز وتطور الخدمات فيه باتت الحاجة ماسة لتوفير مقر رئيسي لمركز الكويت للتوحد ومبنى متكامل يساهم في إيصال الخدمة لطالبيها، لأن المركز يعتبر أول مركز إقليمي متخصص في الوطن العربي.
وقد سعى المركز للحصول على ارض لإقامة المشروع الجديد منذ عام 1998 وتم الحصول عليها في عام 2002 وبمساهمة كريمة من بلدية الكويت ورئيسها في ذلك الحين السيد/ محمد عيد النصار ليبدأ حلم العديد من أطفال التوحد وأسرهم والعاملين معهم ويتحول إلى حقيقة بدعم من الأمانة العامة للأوقاف والمؤسسات وأهل الخير الكرام. وعلى مساحة 10000 م2 تم تصميم مبنى مناسب يبنى ولأول مرة خصيصاً لإعاقة التوحد وذلك بعد تجربة المركز مع الطلبة واحتياجاتهم وبعد زيارات عديدة لمراكز عالمية وطرح مسابقة للتصميم كمشروع تخرج لطلبة كلية الهندسة المعمارية وذلك لأخذ الأفكار المناسبة للتصميم النهائي وتم إطلاق أسماء المتبرعين على الأقسام المختلفة والفصول في المبنى الجديد.
وهدف المركز منذ تأسيسه إلى تأسيس وقفية خاصة بأطفال التوحد من خلال دعم أ÷ل الخير الكرام وفتح باب التبرع الوقفي سواء كان نقدياً أو عينياً وتحول كافة الإيرادات إلى وقفية التوحد لدى الأمانة العامة للأوقاف ولاتي ستكون رافداً للمستقبل لبرامج التوحد والفئات الخاصة والأبحاث الخاصة بهم.
كما نال المركز العديد من الجوائز والشهادات ومنها جائزة فيليب موريس عام 2003 و جائزة جان أموس كومينيوس اليونسكو عام 2009 وكذلك الحصول على جائزة شايلوت التي نظمها الاتحاد الأوروبي في مجال حقوق الإنسان يناير عام 2010 وكذلك جائزة جابر للجودة عام 2008 و جائزة المسئولية الاجتماعية عام 2008.